根据《信息安全等级保护管理办法》第十五条规定，已运营（运行）或新建的第二级以上信息系统，应当在安全保护等级确定后30日内，由其运营、使用单位到所在地设区的市级以上公安机关办理备案手续。隶属于中央的在京单位，其跨省或者全国统一联网运行并由主管部门统一定级的信息系统，由主管部门向公安部办理备案手续。跨省或者全国统一联网运行的信息系统在各地运行、应用的分支系统，应当向当地设区的市级以上公安机关备案。具体备案流程如下:
1.确定定级对象和安全保护等级
各行业主管部门、运营使用单位按照《信息安全等级保护管理办法》和《信息系统安全等级保护定级指南》的要求，初步确定定级对象的安全保护等级，起草《信息系统安全等级保护定级报告》。跨省或者全国统一联网运行的信息系统可以由主管部门统一确定安全保护等级。涉密信息系统的等级确定按照国家保密局的有关规定和标准执行
2.备案材料准备
办理信息系统安全保护等级备案手续时，应当填写《信息系统安全等级保护备案表》，第三级以上信息系统应当同时提供以下材料：
（一）系统拓扑结构及说明；
（二）系统安全组织机构和管理制度；
（三）系统安全保护设施设计实施方案或者改建实施方案；
（四）系统使用的信息安全产品清单及其认证、销售许可证明；
（五）测评后符合系统安全保护等级的技术检测评估报告；
（六）信息系统安全保护等级专家评审意见；
（七）主管部门审核批准信息系统安全保护等级的意见。
3.专家评审与审批
初步确定信息系统安全保护等级和准备好备案材料后，三级或以上信息系统需要聘请专家进行评审。运营使用单位或主管部门参照评审意见最后确定信息系统安全保护等级，形成定级报告。当专家评审意见与信息系统运营使用单位或其主管部门意见不一致时，由运营使用单位或主管部门自主决定信息系统安全保护等级。
信息系统运营使用单位有上级行业主管部门的，所确定的信息系统安全保护等级应当报上级行业主管部门审批同意。
4.备案材料提交及审核
定级备案单位将《信息系统安全等级保护备案表》、《信息系统安全等级保护定级报告》及上述配套材料提交属地公安机关网安部门审核。对符合等级保护要求的，在收到备案材料之日起的10个工作日内颁发信息系统安全等级保护备案证明；发现不符合本办法及有关标准的，在收到备案材料之日起的10个工作日内通知备案单位予以纠正。